HBV ile enfekte olan kişilerde HBV nün 6 ay içinde vücuttan temizlenememesi durumunda kronik HBV enfeksiyonundan bahsedilir. Çoğunlukla bu evrede hastalık sessizdir ve hastaların hemen hepsi farkında olmadan bu döneme geçiş gösterirler. Karaciğerdeki hasarlanma arttığında ve karaciğer fonksiyonları bozulmaya başladığında halsizlik, eklem ve kas ağrıları, bulantı, göz aklarında ve ciltte sararma, ayaklarda ve karında şişme gibi bulgular ortaya çıktığında bir hekime başvurmaları veya başka bir nedenle yapılan kan testi sonucunda HBV ile enfekte oldukları anlaşılır. Kronik HBV enfeksiyonu asemptomatik HBV taşıyıcılığı, karaciğer sirozu ile sonlanabilecek kronik aktif hepatit veya karaciğer kanseri gelişimi gibi farklı klinik tablolarla seyredebilir. Kronik karaciğer hastalığı olan hastaların %15-25 inde ölüm sebebi hepatit B virüsü ile ilişkili karaciğer hastalıklarıdır (Bkz.karaciğer sirozu).
HBV vücuda girip karaciğere yerleştiğinde kendisi direkt olarak karaciğerde bir hasar oluşturmaz. Vücudun virüse karşı oluşturduğu immun yanıt (bağışıklık sisteminin virüse karşı gösterdiği cevap) sonucunda karaciğer hücreleri zarar görür. Virüs karaciğer hücresi içinde çoğaldıkça daha fazla immun yanıt oluşur ve bu da daha fazla karaciğer hücresinin zarar görmesi demektir. Zamanla zarar gören hücrelerin yerinde bağ dokusu oluşmaya başlar (fibrozis) ve karaciğerde yaygın bağ dokusu oluşumunun sonucu karaciğer sirozudur. Karaciğerde virüsün aktif olarak çoğalması karaciğer hasarı için önemli bir risk faktörüdür. Kanda yüksek oranda virüs bulunan hastalarda karaciğer hasarı daha ciddi boyutlardadır.
Bazen HBV karaciğerdeki çoğalma döneminde bir takım genetik değişiklikler geçirerek daha farklı bir yapı kazanabilir (Viral mutasyon). Bu değişiklik kronik HBV enfeksiyonunun doğal seyri sırasında olabileceği gibi tedavi amacıyla bazı ilaçların kullanılması sonrasında da ortaya çıkabilir. Bu, karaciğerdeki hastalığın gidişini değiştirebileceği gibi tedaviye alınacak yanıtı da güçleştiren bir durumdur. Sık görülen mutasyonlardan biri HBeAg (Hepatitis B early antigen- Hepatit B e antijeni) mutasyonudur. Mutasyon olmayan hastalarda HBeAg yapımı virüsün aktif olarak çoğalması ile birliktedir. Vücutta HBeAg ye karşı antikor oluşması (HBeAb veya anti-HBe) (Hepatitis B e antibody) virüsün çoğalmasının durduğu ve vücudun HBV ne karşı bağışıklık kazanmaya başladığının bir göstergesi olarak kabul edilir ve bu olay ‘serokonversiyon’ olarak adlandırılır. Bu durumda kanda HBV-DNA düzeyi düşüktür. Mutasyon geçiren HBV enfeksiyonu varlığında ise kanda HBeAg saptanamadığı ve HBeAb bulunduğu halde aktif virüs çoğalması devam eder ve kandaki HBV-DNA düzeyi yüksektir. Bu durum güneydoğu Avrupa ve Asya da görülen kronik HBV enfeksiyonlarının %30 ila %80 inde görülmektedir ve genellikle çocukluk çağında alınan HBV enfeksiyonu ile birliktedir.
Pratikte sık olarak, HBeAg negatif kronik HBV lü kastalar yanlışlıkla serokonversiyon sağlamış (HBeAg ne karşı antikor oluşturmuş) sanılabilmektedir. Serokonversiyon saptanmış hastalar genellikle inaktif taşıyıcı olarak adlandırılırlar ve bu hastalarda karaciğerdeki iltihabın yavaşladığı veya durduğu kabul edilir. Aksine HBeAg negatif (ve HBeAb pozitif) mutant kronik HBV enfeksiyonu olan hastalarda düşük seviyede de olsa viral çoğalma devam etmekte ve karaciğerdeki kronik iltihap ilerlemektedir. Bu hastalar HBV nün karaciğerde oluşturabileceği her türlü hasarlanmaya aday olarak yaşamlarını sürdürürler.
Asya da yaşayan kronik HBV enfeksiyonlu hastaların 2/3 sinde HBeAb oluştuktan sonraki dönemde karaciğer sirozu ve karaciğer kanseri gibi ciddi komplikasyonlar ortaya çıkmaktadır. HBeAg negatif ve HBeAb oluşmuş hastalarda kanda HBV-DNA seviyesinin ölçülmesi ile olayın aktif bir mutant virüs enfeksiyonu veya serokonversiyon oluşmuş inaktif hastalık olup olmadığı bir ölçüde anlaşılabilir.
Yüksek HBV-DNA seviyeleri genellikle mutant HBV enfeksiyonunun göstergesi olmakla birlikte bu kural her zaman geçerli olmayabilir. HBeAg negatif mutant HBV enfeksiyonlu hastalarda yıllarca hastalıkla ilgili herhangi bir belirti ortaya çıkmaz ve bu hastalarda karaciğer sirozu bulgularının ortaya çıkması için geçen süre ortalama 40 yıl civarındadır.
Siroz bulgularının ortaya çıkmasından sonra hastaların %25 i 10 yıl içinde son evre karaciğer hastalığı dönemine girmektedir.