5-ASA (mesalamin): 2.4-4.8 g/gün dozda ve sakin dönemdeki (remisyon) hastalığın idamesinde önemli bir ilaçtır. Tablet ve makata yakın rektum tutulumu olan tiplerde kullanılmak üzere lavman şekilleri mevcuttur.
Sulfasalazin: 4-6 g/gün olarak kullanılır ve hafif ile orta şiddetteki hastalıkta ve sakin dönemdeki (remisyon) hastalıkta etkilidir.
İnfliksimab: Tümör nekroz faktörü inhibitörüdür ve orta ve şiddetli düzeydeki ülseratif kolit vakalarında kullanılır.
Azatioprin: 2.5 mg/kg/gün verilir ve bağışıklık sistemi dengeleyicisidir.
Siklosporin: ameliyattan korunmak için önemlidir.
6-Merkaptopurin: 1.5 mg/kg/gün verilir, kortizon miktarını azaltan bir ilaçtır.
Siprofloksasin: bakterileri engelleyen antibiyotik
Metronidazol: oksijensiz (anaerob) ortamda etkili olan bakterileri yok etmeye yarayan bir antibiyotiktir.
Kortizon: Hafif ve orta şiddetteki olgularda, lavman şeklinde budesonide (2-8 mg/gün) ve hidrokortizon (100 mg/gün) kullanılır. Şiddetli olgularda ise, damardan (İV) 60mg/gün metilprednizolon veya hidrokortizon 400mg/gün olarak verilir.
Balsalazid: hafif ve orta şiddetteki hastalıkta etkilidir.
Dışkı nakli: Sağlıklı bir kişiden alınan dışkı örneğinin bir mikrofiltrasyon sisteminden geçirildikten sonra; lavman, kolonoskopi, tablet, burundan takılan mide sondası yolu ile bağırsak sorunu olan kişilere verilmesidir. Fekal mikrobiota transplantasyonu (FMT) olarak adlandırılan bu yöntem, ilk olarak yoğun antibiyotik kullanımı sonrasında bağırsaktaki yararlı bakterilerin azalması veya yok olması nedeni ile oluşan Clostridium difficile enfeksiyonunun (CDE) tedavisinde kullanılmıştır. CDE yoğun antibiyotik kullanımı sonrasında gelişen ishallerin % 15-25’inden sorumludur.
Daha sonra ise huzursuz bağırsak sendromu (İBS) ve iltihabi bağırsak hastalığı tedavisinde kullanılmıştır. Bu tür tedaviler Gastroenteroloji Uzmanları tarafından gerçekleştirilmektedir. Henüz yeni sayılabilecek bir tedavi yöntemi olduğundan, uzun dönem sonuçları hakkında yeterli bilgi birikimi yoktur. Bu tedavi yöntemi ile, sarılık (hepatit), AİDS hastalığı (HİV) gibi virüslerin dışkı nakli yapılan kişiye iletimi konusunda çekinceler mevcuttur.