Това е заболяване, характеризиращо се с прогресиращо възпаление и фиброза, като при половината от симптоматичните пациенти се развива билиарна цироза, а при около 30% – холангиокарцином. Три четвърти от пациентите са мъже, със средна възраст от 40 години. Заболяването е тясно свързано с възпалителни заболявания на червата, особено с улцерозен колит. При 87% от пациентите с първичен склерозиращ холангит и възпалително заболяване на червата се открива улцерозен колит, а при 13% – болест на Крон. При 75% от пациентите с ПСК има съпътстващо възпалително заболяване на червата.