لا تختلف الآثار الجانبية التي قد تحدث أثناء تطبيق البالون عن تلك التي قد تحدث أثناء تنظير الجهاز الهضمي العلوي (تنظير المعدة) (انظر التنظير الداخلي – تنظير المعدة). في بعض المرضى ، قد تزداد شكاوى الارتجاع على شكل حرقة وحموضة في الصدر بعد وضع البالون في المعدة.
في الأيام الأولى بعد إدخال البالون ، قد يحدث عدم راحة وانتفاخ في الجزء العلوي من البطن ، وقد يحدث غثيان وقيء نادرًا ، وعادة ما تتراجع هذه الشكاوى في غضون أسابيع قليلة. ومع ذلك ، إذا استمر القيء لفترة طويلة ، فقد يحدث اضطراب في توازن السوائل والكهارل في الجسم ، لذلك يجب مراقبة المريض تحت إشراف الطبيب ويجب إزالة البالون عند الضرورة. قد يشعر بعض المرضى بالألم عند الاستلقاء على البطن أو الجانب.
إذا لم يتم نفخ البالون في المعدة بشكل كافٍ أو تفريغه من الهواء ، فقد يسد البالون مخرج المعدة ويسبب الغثيان والقيء. نادرًا ما يمر البالون المفرغ من المعدة إلى الأمعاء الدقيقة ويسبب انسدادًا معويًا ، ويلزم التدخل الجراحي لعلاج هذه الحالة. نظرًا لأن البالون يتحرك في المعدة ، فإن احتمال تكون قرحة المعدة بسبب ضغط البالون ضئيل.
بما أن البالون يتم نفخه بالماء المعقم الممزوج بالميثيلين الأزرق ، في حالة وجود البول باللون الأزرق ، فمن المفهوم أن البالون قد انفجر ، ويتم إخراج البالون بسهولة من المعدة عن طريق التنظير دون فقدان المعرفة. اليوم يفضل استخدام البالونات المملوءة بالهواء بدلاً من الماء ويتحملها المريض بشكل أفضل.