Çölyak hastalığı çocuklarda ve erişkinlerde farklı belirtilerle kendini gösterir. Çocuklarda gelişme ve büyüme geriliği, boy kısalığı, çölyak hastalığının erken bulgusu olabilir. Karın ağrısı, bulantı, kusma, ishal, huysuzluk, davranış bozuklukları ve okulda başarısızlık görülebilecek diğer belirtilerdir.
Bulguların ortaya çıkması ve şiddetlenmesi yıllar sürebilir. Genellikle adolesan döneminde bulguların şiddetinde kısmen de olsa bir azalma görülür. Erişkinlerde çölyak hastalığı genellikle 30-40 yaş civarında ortaya çıkmakla birlikte daha ileri yaşlarda da görülebilir.
Özellikle yağlı gıdaların alınmasından sonra belirginleşen ishal, karında gaz ve rahatsızlık hissi, karın ağrıları, iştahı iyi olduğu halde kilo alamama, kilo kaybı, çabuk yorulma, yorgunluk ve eklem ağrıları, osteoporoz,nöropati, ataksi (dengesizlik), depresyon, erişkin yaşta ortaya çıkan çölyak hastalığın başlıca bulgularıdır.
Bazı çölyak hastalarında yıllarca aralıklı ishal ve hazımsızlık dışında başka bir bulgu olmayabilir. Bazı hastalar uzun yıllar irritabl barsak hastalığı tanısıyla izlenmiş olabilirler. Kadınlarda adet bozuklukları, hamile kalamama, erkeklerde cinsel güçte azalma çölyak hastalığında nadir de olsa görülebilecek diğer belirtilerdir.
Bazı hastalarda ishal vb. gibi bir sindirim sistemine ait bir belirti olmaksızın, hastalık sadece demir eksikliği ve buna bağlı bir kansızlık tablosuyla kendini gösterebilir.
Gebelik döneminde kansızlığı belirgin ölçüde şiddetlenen kadınlar çölyak hastalığı yönünden araştırılmalıdır. Bazı hastalarda karaciğer fonksiyon testlerinde bozulma görülebilir.
Nedeni saptanamayan karaciğer fonksiyon test bozukluklarında çölyak hastalığı da akla gelmelidir. Olguların %3-5 kadarında hastalık bir taram sırasında tesadüfen saptanır (sessiz çölyak hastalığı).
Kan testleri pozitif olduğu halde ince bağırsak biyopsileri normal olan veya hafif değişiklikler gösteren olgulardaki hastalık ‘potansiyel çölyak hastalığı’ olarak adlandırılır.
Bu olguların ilerki yıllarda tipik hastalık gelişme ihtimali nedeniyle takip edilmeleri gerekir.
Çölyak hastalığı tedavi edilmediğinde ince barsaklardaki emilim bozukluğu nedeniyle zamanla vücutta vitamin, mineral ve diğer besin maddelerinin eksikliği ortaya çıkar.
Bunlar arasında özellikle demir, folik asit ve B12 vitamini eksikliği sonucunda değişik şiddetlerde olabilen kansızlık (anemi) en sık görülen bulgulardan biridir.
Bunun yanında D vitamini ve kalsiyum emiliminin bozulması sonucunda kalsiyum seviyesinde azalma, kemik erimeleri ve kırılmaları, A vitamini eksikliğine bağlı görme bozuklukları ve cilt problemleri, B vitamini türevlerinin eksikliğine bağlı denge bozukluğu ve his kusurları gibi sinir sistemine ait problemler, K vitamini eksikliğine bağlı pıhtılaşma bozuklukları ve kanamalar, sodyum, potasyum ve magnezyum gibi elektrolitlerin eksikliğine bağlı kas güçsüzlükleri ve protein (albumin ve diğer proteinler ) eksikliğine bağlı bacak ödemleri ve bağışıklık sisteminde zayıflama ortaya çıkabilecek diğer bulgulardır.
Çölyak hastalığında görülebilecek başka bir rahatsızlık da su çiçeğine benzer bir görünümü olan, daha çok sırtta, alt ve üst ekstremitelerde ve kalçalarda kaşıntılı, döküntülü ve su toplayan lezyonlarla ortaya çıkan ve dermatitis herpetiformis olarak adlandırılan bir cilt hastalığıdır.
Ayrıca bazı romatizmal hastalıklar, tiroid bezi hastalıkları (Hashimato hastalığı) ve böbreküstü bezi hastalıkları (Addison hastalığı), psöriasis (sedef) gibi cilt hastalıkları, mikroskopik kolit gibi bağırsak hastalıkları çölyak hastalığı ile birlikte bulunabilir.